全基因组SNP分子标记开发

从所开发的SNP分子标记中随机挑选9对标记引物，以46个玉米自交系的为材料，根据差异核苷酸高分辨率熔解曲线形状的不同，利用HRM技术对加有饱和荧光染料的实时定量PCR扩增产物进行基因分型来验证SNP的多态性。荧光值差异曲线显示：在有荧光信号的自交系中，9对引物的PCR产物都被HRM分型，表现出多态性，P5和P6出现两种基因型，其余引物都显示出3种基因型，SNP检测率为100%熔解峰显示：对于有信号的自交系，9对引物的P℃产物熔解峰都为单一峰，无非特异性扩增及引物二聚体产生，且峰值相近，说明这些引物的特异性高较好。由于在SNP标记开发过程中，引物是基于模式自交系“B73”的BAC文库设计及筛选的，扩增信号的有无可能跟B73与其他自交系在引物结合区域的核苷酸差异有关。每对引物都有少数自交系目的条带没有被扩增出来，HRM熔解无荧光信号，其中，P4只有“丹340”无信号，P1最多，有14个自交系没有信号。综上所述，本研究开发SNP分子标记共计12388个，其中6008个标记只含单一的SP位点，这些标记具有较高的多态性，在基因精细定位、关联分析及分子标记辅助育种上具有一定的应用价值。关键词：玉米：表达序列标签；单核苷酸多态性分子标记：高分辨率熔解曲线